نظریه تمی دالتن نیز مانند هر نظریه علمی دیگر توانست بسیاری از پدیده های علمی آن زمان را توجیه کندو به بسیاری از پرسشها پاسخ دهد، ولی از توجیه برخی پدیده ها عاجز بود و مانند هر نظریه خوب دیگر سوالهای تازه بسیار مطرح کرد. به عنوان مثال، این سوال مطرح شد: در اتمهای مواد مرکب چه نیرویی اتمهای ساده را درکنار یکدیگر را یک اتمسفر گرمایی احاطه کرده است که به هنگام ترکیب دو عنصر، اتمسفر گرمایی این دو عنصر همپوشانی می کنند که وبه همین سبب نیز از واکنش ندارد و به همین دلیل این مواد یک اتمی هستند. دالتن برای این قسمت از نظریه خود دلیل تجربی نداشت.
دانشمندان سالها پیش از دالتن با الکتریسیته مالشی( ساکن) آشنایی داشتند که نظریه اتمی دالتن نمی توانست این پدیده را توجیه کند. بازهم دالتن پاسخی داشت و آن این بود که الکتریسیته چیزی است که برماده عارض می شود وجزء ذات ماده نیست.
با ساخته شدن پیلهای الکتروشیمیایی و انجام شدن آزمایشهای الکترولیز ، توانایی نظریه دالتن برای توجیه واقعیتها کمتر شد و سرانجام این مدل از توجیه خصلت رایو اکتیوی و اشعه کاتدی به کلی عاجز ماند. این واقعیتها زمانی قابل توجیه بود که در اتمها، اجزای دارای بار الکتریکی وجود داشته باشند ومدل اتمی دالتن (اتم غیر قابل تقسیم) نمی توانست این پدیده ها را توجیه کند.
